Можно ли удалить субконто по счету из стандартного плана счетов?

(1) Anjut-ka4,

В UA может быть своя специфика конфы, но я бы сделал подписку на событие "ПриЗаписи" бухгалтерского регистра, которое бы опустошало значения неугодных субконто, не допуская их, тем самым, до проводок. Сами субконто не удалял бы.
Подписку надо утащить вниз списка подписок, чтобы она срабатывала последней.
Плюс, подточить задействованные отчеты, чтобы они игнорировали эти субконто.

Во-первых, не распиливать типовую конфу. Обновления будут проще. Особенно гемморойно обновлять распиленный план счетов, чего вы избежите.
Во-вторых, этот участок учета разрабы делали именно так, как он сделан, вероятно, не зря. Возможно, какие-то связанные документы надеются на эти субконто, и без них будут швыряться ошибками.
В-третьих, если однажды возникнет необходимость - легко вернетесь к типовой функциональности.