Допустимо ли иметь обороты по 00 счету?

000 счет используется для ввода остатков, соответственно он закрывается на начало года. При необходимости внесении сторно прошлых периодов в текущей программе, необходимо вручную подправить проводки, используя проводки, которые были в прошлой программе в сторнируемом документе.

декабрь уже закрыт, поэтому делаем корректировки в январе.

Для корректирующих проводок - допустимо. Главное, чтобы в результате этих операций не было сальдо 000 счета, иначе разбежится валюта баланса в бухгалтерской отчетности.

Не допустимо во всех случаях кроме внесения начальных остатков. В плане счетов нет счета 00, а следовательно использование его для отражения хозяйственных операций - является грубой ошибкой БУ.

а корректирующие проводки можно делать одной проводкой, например, 201 - 91 (снимаем сумму)
или с каждого счета надо снимать через 00
201 - 00 (сняли сумму)
00 - 91 (сняли сумму)?

Судя по определению этот счет должен использоваться только при вводе остатков. Используйте для корректировки другие корреспонденции.
Вот определение:
Счет 000 является специальным счетом плана счетов и предназначен для ввода начальных остатков при начале работы с системой. Остатки по каждому счету вводятся операциями, содержащими проводки в корреспонденции со счетом 000. Дебетовые остатки счета вводятся по дебету данного счета и кредиту счета 000. Кредитовые остатки счета вводятся по кредиту данного счета и дебету счета 000. Остатки по счетам, для которых в плане счетов задано ведение аналитического учета, вводятся с указанием субконто. После ввода входящих остатков необходимо проверить их правильность. Для этого необходимо получить отчет "Оборотно-сальдовая ведомость" за период, включающий дату ввода остатков. Если остатки введены правильно, дебетовый оборот счета 000 будет равен кредитовому обороту.

00 счет нужен для ввода остатков и для контроля правильности этого ввода. Если при вводе остатков вылазит сальдо на этом счете, а время жмёт и сумма незначительная (не превышает предела существенности), то можно это сальдо при вводе остатка откорректировать за счет счета Прибыли/убытки. В дальнейшем использование этого счета запрещено, т.к. под любую проводку нужно подложить бухгалтерскую справку, а корреспонденция счетов регламентируется Инструкцией по использованию плана счетов и 00 счета там вообще нет.
Использование счета 00 кроме как при вводе остатков ЗАПРЕЩЕНО. И не питайте иллюзий, штрафы и санкции за неправильное ведение бухучета значительно увеличены.

Мне кажется кореспондениция проводок - личное дело каждого. Главное -как вы отчеты сдаете. Не помню чтобы налоговая требовала оборотку по счету 00

Не личное, а законодательно установленное. Ибо корреспонденция должна иметь физический смысл как средство отражения фактической деятельности. И план счетов тоже не от балды законодательно установлен. И в нем нет этого счета. В конфигурациях от 1с он чисто технический.Разумеется, какой смысл требовать оборотку по счету, на котором ничего не должно быть, в том числе и оборотов?