Налог на прибыль по данным НУ и БУ не равны

(1) 3762515,

Ох, у вас тут букет странностей. Да, так делать некорректно.

Технические проблемы:

1. Истинный учет стоимости ОС и накопленной амортизации ведется в регистрах накопления "Стоимость ОС (<вид учета>)". На бухгалтерский регистр и план счетов вся автоматика, связанная с основными средствами, плевать хотела. Туда типовыми документами просто пишутся проводки, параллельно с регистрами.
Поэтому, корректировать надо сначала "Стоимость ОС...", а уж только потом план счетов.

2. Начисление или не начисление амортизации управляется не первоначальной стоимостью ОС, тем более, учитывая п.1, не в плане счетов, а записями регистра "Состояние ОС (организаций)", который двигается документом "Изменение состояния ОС".

Методически:

3. Первоначальной стоимостью так распоряжаться нельзя (ИМХО).

3.1 Во-первых, в одной хозоперации ВР и НУ логически корреспондировать не могут, а они у вас это делают. Получилось, что у вас ОС не имело оценки стоимости в НУ, и тут БАБАХ - получило. За счет чего? Вы должны были принять доходы какие-то тогда, или списать в стоимость ОС какое-то имущество.

Ну это если абстрагироваться от законодательства, и мыслить чисто по модели учета. НУ корреспондирует только с НУ, или в дебет ПР. ВР корреспондирует только с ВР.

3.2 Если вы не хотите начислять амортизацию, это не значит, что стоимость ОС в НУ равно нулю (как у вас изначально). Это вообще не связанные события.

Представьте, что до этой корректировки продали ОС, сделав в БУ проводки (грубо, выкинем нафиг НДС):
<Дт.62 - Кт 91.01>
<Дт 91.02 - Кт 01.09>
<Дт 01.09 - Кт 01.01>

Тогда у вас расходов до корректировки не образуется, и вы налог заплатите с полной суммы выручки.
<Дт ПВ НУ - Кт 91.01.1 НУ> - признали доход.
<проводку расхода по НУ не сделаем, т.к. нет суммы НУ>

А после корректировки - образуются, и вы заплатите с разницы выручки и стоимости, т.к. у вас будет стоимость ОС в НУ и вы сделаете в НУ проводки:
<Дт ПВ НУ - Кт 91.01.1> - признали доход.
<Дт 91.2 НУ - Кт 01.09 НУ> - признали расход.

Получается, налог зависит от того, ХОТИТЕ ли вы начислять ли вы амортизацию, или нет.
Бред ведь, не правда ли?

Таким образом, можно амортизацию не начислять, или начислять ее как не принимаемую для целей налогообложения, но со стоимостью имеющегося у вас актива, потенциально годного к продаже, это никак не связано.

3.3 Соответственно, в НУ у вас ОС должно иметь оценку, и имело ее всегда. Изменилось лишь начисление амортизации. Корректировки в этом виде быть не должно.

4. Я не уверен, что вы правильно описали ситуацию "при вводе остатков ОС ввели как не автоматизируемое, сейчас решили начать его амортизировать, поэтому перекинули с ВР на НУ". Тут вопрос явно вне плоскости автоматизации в конкретной программе, упирается в какую-то славную и давнюю историю данного ОС, с какими-то основаниями освобождения от амортизации, или непринятия ее к расходам по налоговому учету, и разбираться сначала надо с историей и правовым базисом учета.

Если вы их изложите, то тогда можно будет помочь отразить это все правильно.