Ведомость по партиям товаров на складах и Товары на складах

По товарам у вас разрешено списание в минус, а по партиям - нет. Посмотрите отчет по товарам в разрезе регистраторов - увидите кучу минусов

Товары на складах простой остаточный регистр с детализацией условно склад/ном-ра. Нет привязки к огрнизации, нет сведений о стоимостном выражении, нет данных о партии. Резервирование на данном регистре никак не отражается (для этого есть спецрегистр + свободные остатки).
Партии товаров на складах - единственный регистр по которому видно и кол-во и сумма движения. Может содержать сведения об организации (партии БУ и НУ), и данные о партии (при учетке в ФИФО). Опять же к резервах отношения не имеет.
При партионном учете в момент проведения документа производится проверка на наличие остатков по куче регистров (свободные остатки, партии УУ,БУ,НУ, резервы и т.п.) В зависимости от прав пользователя документ может провестись и без остатка по партии, тогда в регистр "товары на складах" запись расход будет сделана (уводя остаток в минус), а в партиях не будет. Таким образом налицо разные остатки по двум регистрам.

Сделайте отчет не ОСТАТКИ товаров по данным регистрам, а ОСТАТКИ и ОБОРОТЫ. Сравнив эти отчеты Вы увидите документы, которые делают разные движения в этих регистрах (или есть документы, которые делают движения в одном регистре, но не делают аналогичное движение в другом). После того, что Вы найдете такие "стремные" документы можно будет понять причину расхождений остатков