Подбор номенклатуры (только товары, которые есть в наличии)

А Розница какая, 2 или 1?

Розница 1, на самом деле конфигурация: "Магазин строительных материалов", но они мало чем отличаются!

Отличный вопрос. Сам мучаюсь. У меня в справочнике однотипного товара тысячи наименований, в наличии сотни, хотелось бы чтобы подбор осуществлялся только по тому что реально есть в наличии.

Есть доработанные разработки с подборами которые делают и это и еще намного больше чем штатные подборы. Ищите.
Одно могу сказать точно - наличие отбора по остаткам значительно замедляет работу со справочником. Это может быть больше неудобней чем наличие всех позиций. Проще сделать чтобы в справочнике сразу был виден остаток.
Тормоза будут очень ощутимы на больших справочниках в файловом режиме базы данных (причем даже на клиент-серверной это тоже может быть ощутимо).

Это абсолютно реально, если справочник товаров большой то в файловом режиме будет тормозить и без этого и с этим, так что можете смело допиливать обработку "Подбор номенклатуры".

Писать обработку.

Тут только дорабатывать. Сам сталкивался с подобной задачей, но для Аптека.Розница. Решил следующим образом: добавил в обработку "Подбор" процедуру, которая делает запрос по остаткам на складе с нужными нам параметрами, а затем на СправочникСписок "Номенклатура" устанавливаем фильтр по номенклатуре полученной в результате запроса. Конечно при таком решении есть небольшая потеря производительности в момент установки фильтра, но для нас это было не критично.