зарегистрировать оплату приходно-кассовым ордером - оплат пойдет в общую кассу, не в оперативную. при реализации указать вид оплаты не наличные - а ввести какой-нибудь другой, назвать его по предоплате или еще как-нибудь. в отчет о розничных продаж на вкладке оплата эта сумма пройдет отдельной строкой, будет ясно что она не в вошла в сумму выручке оперативной кассы. после перемещения денег из оперативной кассы в общую по общей кассе разница исчезнет.
Реализация осуществляется не Чеком ККМ, а документом "Реализация товаров", так как нужно знать с каким покупателем была предоплата. А в "Реализации товаров" разве есть вид оплаты?
А как собираетесь отслеживать взаиморасчеты? В рознице нет регистра отвечающие за них. При этом отследить прошла оплата от конкретного контрагента или нет, и к чему она привязана без доработки на мой взгляд осуществить не реально.