Не включать скидку при товаре по акции.

Зависит от того как реализованы "товары по акции". Это скидка настроенная на определенный список номенклатуры, или это какая то своя доработка с помощью флажка или как то еще в системе CRM.
Самое простое конечно сделать скидку у которой в уточнении номенклатуры с помощью подбора найти всю ту номенклатуру, которая по акции и исключить её из списка, но тогда новые позиции номекнлатуры или позже включенные в акционный список товары автоматически не будут исключены.
Уточните как реализована скидка "товары по акции"? Какими флажками и т.д.

Возможно всё решится вот этим условием при выборе группы совместного применения. Тогда приоритет новой скидки нужно поставить выше чем "Товары по акции".