Не идут остатки в регистре накопления товары организации с регистром накопления товары на складах

Используются документы поступление товаров, перемещение товаров, реализация товаров.

Добрый день!

Принципиальной разницы между этими регистрами - нет, это порожденные объекты одного базового класса. Одно из полей регистра содержит ссылку на документ, порождающий запись(движение регистра). У этих двух регистров разный набор регистраторов, поэтому сравнить "в лоб" - достаточно затруднительно.
Для Вашего случая могу предположить, что расхождение может быть связано с некорректным закрытием кассовых смен, тогда в регистре "Товары на складах" будут присутствовать записи чеков ККМ, которые могут создать количественную разницу. При правильном закрытии - результаты остатков и оборотов этих регистров идентичны.Если есть вопросы - пишите.