Списывает в минус по 41 счету при отсутствии галки "Разрешается списание запасов при отсутствии остатков по данным учета"

Кстати это происходит при неоперативном проведении
а как сделать чтобы всегда проверял
43 в любом случае проверяет остатки, а по 41 оперативно проверяет, а неоперативно нет

А как вы хотите что бы проверял?
пример.
Если, 01.04 на начало в 00.00 на был остаток,5 шт в 10.00 было поступление10 шт , затем в 11.00 была реализация 15 шт.
А 02.04 кто то провел документ реализации за 01.01 со временем 00.00, то и будет такая ситуация.

С похожей проблемой столкнулся, когда бухгалтер или еще кто тупо отменил проведение Поступление товаров и услуг комиссионного товара, но при этом не перепроводил реализацию. Потом сделали Другие доки поступления и все вроде бы норм - остатков нет. а начинает удалять ненужные доки, а они не удаляются - остались как регистраторы движения партии в Реализации. Так что надо смотреть полностью - откуда и как появились отрицательные обороты при стоящей галке "Контроля отрицательных остатков" - можно столкнуться с очень плохой и очень плохой проблемой - Корректировка себестоимости в конце месяца при закрытии и увеличенной себестоимости.
Будьте бдительны! Бухгалтерия - детям не игрушка!