Выбрать разные префиксы для разных кассовых книг.
А далее на что фантазии хватит: или руками, или сделать в документе какой-то признак, по которому будет формироваться код.
Можно создать подписку на событие и там уже нумеровать так как нужно. По поводу требований бухгалтера , скорее всего она не права . так как есть касовая дисциплина и там нумерация должна быть сквозная по организации. К сожалению номер ПБУ не помню .
Загуглите "Порядок ведения кассовых операций". Кратко об изменениях 2012 г. тут http://www.buh.ru/document-1938.
В документах ПКО и РКО какой-то признак надо добавить, что по деятельности пл. агента. И в подписке добавляйте при установке нового номера добавляйте в префикс какой-нибудь символ, чтоб нумерация отдельно велась. И кассовую книгу доработать придется, чтобы подбирались документы только определенной кассы.
Была похожая ситуация. В подразделениях стоят кассы, нужно было чтобы в подразделениях печатались свои кассовые книги (по своим кассам), а в головном офисе общая кассовая книга. Добавил в регистр сведений "Номера листов кассовой книги", подправил запрос в отчете "Кассовая книга". Всех устаривает, аудитор даже вопрос не задавала.