Некорректность Бух.Итогов

сделайте детализацию до проводки и выберите движения за этот период и
все увидете сразу.

В файл-серверном режиме работы ОС не гарантирует корректную обработку данных. Если одун из пользователей вылетает из программы (выключает компьютер) во время изменения данных, то как следствие база может быть повреждена. Бух.итоги частный случай.
Отдай базу под управление SQL. Скорость обработки данных возможно упадет, но надежность повысится. SQL в состоянии отвечать за целостность данных, если обеспечить стабильную работу сервера.

Была похожая ситуация. В один прекрасный день слетели все проводки с 1 января. Бухитоги при этом показывались нормуль, а вот проводок нет было совсем. Файл 1Sentry.dbf оказался, как ни странно абсолютно цел. Что за метаморфоза такая произошла я так до сих пор и не понял. После убивания индексов, и переиндексации проводки не появились. После полного ТиИ итоги нормально, а проводок так и нет. Сделал выгрузку, потом загрузку. Файл 1Sentry стал пустым. Подменил его файликом с архива и переиндексировал. Все появилось... Вот такой вот казус.

Второй случай был почти как у вас. Что там случилось 5-6 декабря хз, но бухитоги за эти дни были не правильными(УРБД 3 базы, на одной итоги нормальные, на второй не такие, на третей тоже не такие). Простоя переиндексация и пересчет итогов не помогли. Только убивание физическое индексов и полное ТиИ.

Поскольку ТиИ по времени получается прилично, то обычно ТиИ запускают ночью. Пишутся батники для запуска конфигуратора в пакетном режиме в назначенное время. Мы используем для этих целей конфу ROBOTяга, в которой настраиваются все задания, которые необходимо провести с базой: ежедневная ночная переиндексация, резервное копирование, ну и раз в неделю на выходных ТиИ.

У меня в конце концов помогло сдвигание БИ взад (за первый документ в базе), далее - полный пересчет, и далее - обратное сдвигание вперед (на реальный момент)

спасибо Чебурашке - где-то на ИС он сие упомянул.