Отрицательные значения в графе 5 КУДиР и поступление ден. средств по ЕНВД в графу 4

При поступлении денежных средств на РС нет смысла указывать принадлежность платежа к ЕНВД, следует использовать документ "Поступление на расчетный счет" с видом оплата от покупателя для автоматического определения авансов и правильного заполнения КУДиР
Если оплата раньше реализации, то она обязательно попадет в книгу доходов расходов, так как считается, что в этот момент нельзя однозначно определить к какому виду деятельности относится(в графы 4 и 5 - доходы всего и доходы, учитываемые при начислении налоговой базы). Когда будет проводится реализация по деятельности, относящейся к ЕНВД (будут выбраны соответствующие счета в документе), тогда эта сумма сторнируется в книге доходов расходов по графе 5. (что у Вас и происходит)