Разграничение по организациям

основная организация стоит для удобства работы пользователя если он в основном работает с одной организацией, то после установки основной у него накладывается отбор по основной организации в списках и журналах документов, а также для автзаполнения организации в документах.Этот отбор когда убираешь из фильтра то выходит информация п всем организациям. Если убрать основную организацию в настройках пользователя, то пользователь будет видет информацию по всем организациям сразу.

сервис - настройки программы - права доступа - ограничить доступ к данным по организации

Вам надо в справочнике "Группы пользователей" создать группы для каждой организации, забив в эти группы нужных пользователей и задать для этих групп права доступа.
Т.е., допустим, у Вас две организации: ООО "Ромашка" и ОАО "Кактус".
В справочнике "Группы пользователей" создаете группу "Пользователи ООО Ромашка" и группу "Пользователи ОАО Кактус", заполнив группы соответствующими пользователями.
Затем идете в меню Сервис - Настройка программы - вкладка "Права доступа" - ставите галку "Ограничить доступ к данным по организациям" и нажимаете на кнопку "Настроить права доступа". Откроется справочник "Организации". Там встаете мышкой на организацию (Например, "ООО Ромашка") и нажимаете на кнопку "Права" - "Доступ к текущему элементу". Там добавляете строку и указываете группу пользователей "Пользователи ООО Ромашка" и даете права на чтение и запись.
Также для второй организации.))

Не совсем то что мне нужно, мне наоборот нужно было чтобы при выбранной организации списки документов, справочников открывались по всем организациям.
Полез в код и увидел что он там жестко прописан, так что или очищать или вручную отбор отключать...

Да, смысл основной организации в том, что это та организация, с которой пользователь в основном, чаще всего работает. Данные по другим организациям для него в повседневной работе излишни. Он с ними практически не имеет дела. Не хорошо, когда лишние данные перед глазами маячат и отвлекают :)) Поэтому они "скрываются", но при желании пользователь может отключить отбор.
Так что это специально задуманное поведение ))

P.S. Есть еще механизм функциональных опций (в управляемом приложении), который призван служить этой же цели...Т.е. скрывать от глаз пользователя ненужные данные :)))

Подниму тему.

Сейчас задача немного другая, более типовая. Разграничить организации по группам пользователей.
Сделал как писал 1cUserAndrew, в списках документов вижу только то что нужно - хорошо.
Открываю любой отчет выбираю любую организацию и смотрю цифры по любой организации. Где грабли?