косяк с начилсением НДФЛ, и не только

на вопрос 3: кто-то отменяет проведение

А какая конфигурация? Если бухгалтерия, то с выше написанным полностью согласен, а если к примеру, ПУБ, то по поводу выписок: там выписка - это сборище документов "Строка выписки ..." за сутки. Если если какие то из этих строк не проведены, вот и результат.
По вопросу 3: загляни в журнал регистрации, увидишь все "самовольности" строптивых документов, и вычислишь тех, кто эти самовольности запускает...

По поводу банка: скорее всего движения по банковскому счету 51 делают документы по кассе (например Расходно-кассовый ордер: сдача наличных денежных средств в банк). По выписке скорее всего такой строки нет.

1.исчисляется разный НДФЛ для нескольких сотрудников, пример: два сотрудника, у которых нет никаких льгот с одинаковым окладом, итог: у одного верный НДФЛ 13% и другого отличный от правильного
в чем может быть дело ?

2. в выписке банка на конец дня остаток суммы не совпадает с остатком суммы на начало следующего дня, все операции совпадют с банковскими выписками, отчего такое может быть ?

3. выписки, сформированные и проведенные сегодня завтра становятся непроведенными

Вопросы слишком абстрактные. Едва ли ты получишь полные ответы с первого раза. Советую ознакомится http://www.rsdn.ru/Info/Howtoask.xml и повторить попытку.

Вероятно речь идет о типовой бухгалтерии.

1. Налоговый период НДФЛ - год, но отчетный - месяц. Отсюда все твои проблемы. Вероятно в прошлых отчетных периодах облагаемый доход отличается от исчисленного НДФЛ, соответсвенно в этом месяце он исправляется.

2. Остаток на конец дня в документе Выписка рассчитывается как сумма остатка на начало + сумма по строкам. Очевидно не все строки выписки формируют проводки или есть проводки по банку вне документа выписка.

3. Вопрос просто супер. Варианты ответов:
1) У вас в офисе завелась мышь;
2) Ночью работает какой-то алгоритм, который приводит к таким последствиям;
3) Глюк или, скорее, полтергейст :-)