Механизм контроля договоров.

Каковы критерии правильности/неправильности?

А вообще, можно при открытии формы выбора договора, устанавливать отбор по условиям правильности. Чтобы отображались только договоры соответствующие критериям.

Критерий один,чтобы при выборе договоров были только те договора, которые принадлежат организации из документа.
Как устанавливать такой отбор?

Что вы понимаете под "организацией из документа"? Наверное контрагента с которым ваша организация заключила несколько договоров...

У одного и того же контрагента может быть несколько видов договоров (с покупателем, с поставщиком, с комиссионером и т.п.), я так понимаю, что при выборе договора у вас отображаются все виды договоров по данному контрагенту (или вообще все договора даже без привязки к контрагенту?) и пользователи могут ошибиться при выборе. Отсюда и вопрос о критериях правильности выбора пользователя (какой договор контрагента должен отобразиться в списке и по какой причине, а какой должен быть скрыт). Например, можно определять вид договора по типу документа (а еще лучше по виду операции документа), если это документ поставки, то вид договора контрагента должен быть "с поставщиком" и другие виды договоров не должны отображаться в списке выбора.

Программно, для всех пользователей ИБ, на Инфостарте уже приводилась методика, вот пример программного открытия формы выбора с отбором

Под организацией понимается своя организация. У нас с контрагентами заключены договора с разными своими организациями. Менеджер при выписывании документов может выбрать договор не с той организацией, от имени которой выписывается документ. Для УНФ это не критично, но если мы делаем выгрузку в бухгалтерию, то документы не правильно проводятся. И при формировании акта сверки по взаиморасчетам тоже отчет не правильно формируется

либо галку снять (см. рисунок), либо допиливать событие при выборе договора

Начал разбираться с модулем, не могу найти как передаются параметры для отбора в справочнике, чтобы включить дополнительный параметр организация. Процедуры при выборе договора тоже нет.

Обработчики событий (свойства элемента управления, внизу) "ПередНачаломВыбора" и "ОбработкаВыбора", вам нужен перед началом (производим действия до открытия окна выбора элемента, выбранного пользователем значения еще нет), чтобы установить отбор. В обработке выбора мы обрабатываем то, что выбрал пользователь, в параметре ВыбранноеЗначение, находится значение которое он выбрал.

Соответственно перед началом выбора, вам надо установить значение отбора в форме выбора по которому и будет произведен отбор при открытии этой формы.

добавить в справочнике договоры контрагента реквизит организация с ссылкой на справочник организации и в обработку выбора в форме документа добавить проверку на соответствие организации в форме документа реквизиту договора и отказ с сообщением если не равны.