реализация на разные счета с одним договором //выбор ГФУ в реализации?

1) Рассмотреть вариант делать это таки парой договоров. Проще будет в разы. Меньше вероятности того, что плохо будут разноситься и зачитываться авансы по 62му (не помню есть ли ГФУ в регистрах расчетов с клиентами, если нет - то совсем лажа будет). В конце концов акт сверки формируется и по всем договорам скопом.
2) сделать договор без ГФУ и обязать пользователей заполнять его при отражении документов.
Вариант 1 лучше.
Ну и еще есть вариант 0: понять зачем 76 и 62? В некоторых случаях пытаются решить какую-то небуховскую задачу на плане счетов, хотя надо было бы решать ее совсем другими методами.