как отключить учет по документам расчетов на счетах 60 и 62

(3) Весьма, на этом субконто построен и механизмы зачета авансов, НДС с авансов. Подозреваю, что и акты сверок без данного субконто "глюкнуть" может.
А "вычищать" партии при сверках не потребуется, если не делать ручных проводок, а пользоваться типовыми документами и обязательно восстанавливать последовательность расчетов. Самое смешное, что при сверке пересорт по документам расчетов и не мешает (в печатной форме акта сверки ваши остатки по ОСВ не видны, там обороты по документам показываются). Мешает он при формировании баланса (завышенная кредиторка и дебиторка) или при работе с НДС (непризнание зачета аванса и непринятие НДСа с него к вычету).