Регистрация счетов-фактур на аванс. Встает не та сумма НДС.

Доброго времени. Конфигурация Бухгалтерия предприятия 3.0.

Ситуация такая:
1) Был выставлен счет на товары, часть товаров по ставке НДС 10%, часть по ставке 20%. Сумма НДС получилось условно 4500.
2) Поступили деньги, в платежке суммы расписаны согласно ставкам в счете, то есть сумма НДС 4500.
3) Далее весь товар отгрузили.
4) Затем пришла вторая платежка по данному счету и снова на всю сумму. Но в платежке уже не разбито по ставкам НДС, а стоит одна ставка 10%. И сумма НДС уже 3200.

Если на основании последнего поступления выставить СФ на аванс, то в СФ все проставляется корректно, то есть и сумму и сумма НДС из платежки.
Но если сделать через обработку "Регистрация счетов-фактур на аванс", то в созданной СФ сумма НДС идет 4500, из счета.
Проанализировал код и там есть условие, если сумма поступления равна сумме счета, то сумму НДС брать из счета.
Бухгалтерия твердит, что это неверно, нужно чтобы через обработку сумму НДС брал также, как и при ручном оформлении.

Вопрос: можно ли сделать это настройками или только дорабатывать код?