налоговая говорит что это для тех кто на УСН, а те кто на ЕНВД те заполняют 3 и 9 разделы
Спросите у них - а раздел 8 тоже заполнить? А если нет, то почему?
Дело в том, что раздел 9 (книга продаж) заполняют плательщики налога, а плательщики имеют право на вычет входящего НДС - то есть, можно и нужно заполнить раздел 8 (книга покупок).
А вот неплательщики не ведут книги продаж и покупок, не имеют права на вычет и уплачивают весь выставленный НДС - поэтому для них существует только раздел 12.
Короче, выясняйте у налоговиков - кем они считают этого предпринимателя? Плательщиком или неплательщиком НДС? Соответственно, тогда будут разделы 8+9 или 12.
P.S. Уверен, что после этого вопроса они "передумают" и согласятся на раздел 12. ;)
И кстати, что за реализация такая? Товары или услуги? Попадает она под ЕНВД или нет?
Поскольку реализация автомобиля юрлицу в любом случае не является операцией, попадающей под ЕНВД, то она подлежит обложению НДС в общеустановленном порядке - письмо Минфина от 29 мая 2019 г. № 03-07-14/39090
Так что в вашем случае налоговая права, сдавайте раздел 9 и книгу продаж.
Вот если бы у вас были транспортные услуги или автосервис, которые облагаются ЕНВД независимо от того, кому оказаны - тогда вы неплательщик и сдаете декларацию с разделом 12.