Разный результат остатков регистра накопления НДС по приобретенным ценностям

Добрый день! Помогите разобраться в проблеме, понять не могу почему так происходит. Есть 2 идентичные базы (загружены из одного файла .dt).

В изначальной базе есть проблема, что не хватает проводок по регистру НДС по приобретенным ценностям и поэтому идет неправильное списание товара. (проблема из-за галочки ручная корректировка проводок)

В первой базе в проблемных документах убираем галочку ручной корректировки проводок и перепроводим документы (проводки формируются заного и база начинает работать корректно)

Во второй базе в тех же проблемных документах галочку мы не убираем, а добавляем недостающие проводки вручную.

Тем самым, регистр НДС по приобретенным ценностям в двух базах выглядит одинаково (см. Картинку 3 и 4). Но если мы обращаемся к остаткам этого регистра, то они не совпадают. А именно, те проводки,которые мы делали вручную, они не отнимаются от стоимости остатка, а записываются в другую строку, то есть в дальнейшем опять пойдут проблемы при списывании товара. (см Картинку 1 и 2).

P.S. Изначальная проблема со стороны 1С, но стоит в статусе "На рассмотрении", а значит неизвестно когда исправят, и скорее просто пошлют.
P.S.S. Способ исправления из первой базы не подходит, так как есть много корректировок в проводках, которые никто заного не будет делать (в нашем регистре корректировок нет)
P.S.S.S. Способ использующийся во второй базе, должен решить проблему, но я столкнулся с проблемой, которую и описал.

База типовая БП 3.0.66.70