НДС и прибыль в Бухгалтерии 3.0

Доброго времени суток!
Ситуация такова:
Есть 2 базы УТ 10.3 и Бухгалтерия 3.0. Недавно разделили бух. учет и теперь у нас 2 организации: ИП без НДС и ООО с НДС.
Бухгалтер делает выгрузку документов из УТ в Бухгалтерию и столкнулись с такой проблемой:
1. В Бухгалтерии в документе Реализация есть колонка "Сумма списания", туда попадает сумма с НДС, а наш бухгалтер говорит, что должно без НДС.
2. Когда бухгалтер в 1С Бухгалтерии делает оборотно-сальдовую ведомость, то прибыль выходит с НДС, а должно быть без.
Как с этим бороться?