Раздельный учет НДС: требование 5% доли

Нельзя. Непонятно как ставка по аренде может быть 18%. Налог на добавленную стоимость предполагает что Вы купили продали и с наценки платите НДС (на добавленную стоимость...). Наверное субаренда..

По законодательству - при наличии операций облагаемой и необлагаемой НДС деятельности предприятие обязано вести раздельный учет НДС. Если объем деятельности БЕЗ НДС меньше 5% то предприятие имеет ПРАВО принять вычет по входному НДС в полном объеме, если продажи БЕЗ НДС более 5-ти процентов, то принять в книгу покупок входной НДС вы имеете ПРАВО только пропорционально.
В вашем же случае у вас именно облагаемая деятельность меньше 5%, то есть практически весь входной НДС вы должны включить в стоимость, а не предъявлять к вычету в книге покупок.
Если вы все-таки хотите часть НДС включать в книгу покупок, а часть включать в стоимость - то раздельный учет НДС нужен. Не обязательно в том виде как сделал его 1С (просто у 1С-а схема запутанная, но позволяющая подтвердить правомочность, а в законодательстве есть только волшебная фраза "раздельный учет" без расшифровки как именно его вести). Просто если у вас есть входной НДС который нельзя однозначно отнести в конкретному виду деятельности то, типовой механизм раздельного учета в 1С то что надо.Если же виды деятельности не пересекаются, вы можете часть НДСа при покупке сразу включать в стоимость, а часть выделять на 19-й счет, а в случае запроса быть готовыми отстоять свою позицию (подтвердить документально, что конкретная счет фактура в пошла именно под деятельность с НДС).
Если же входной НДС небольшой, и не имеет смысл за него бороться (предъявить НДС к вычету это право, а не обязанность), то раздельный учет вообще не нужен.