Раздельный учет НДС и несырьевой товар купленный до 01.07.2016

Добрый день. Для несырьевого товара, купленного после 01.07.2016 и предназначенного на экспорт изменились правила принятия НДС к вычету-ставку 0% по реализации не надо подтверждать. Но вот беда –если на остатке был товар, который не был реализован, то по нему НДС принимается по старым правилам- после подтверждения нулевой ставки. Так вот если купля продажа-то все хорошо, а вот если производство –был на остатке счет 10.01, купленный до 01.07. А после 01.07. его пустили в производство, произвели продукцию (счет 43) и реализовали. При такой ситуации, НДС с покупки не попадает в книгу покупок. Есть ли еще у кого такие проблемы и как решаете ? Спасибо.