Непонятка в КА 1.1

Если не закрывается 20-й счет значит надо копать в сторону ведомости по учету затрат. Формируете ведомость по затратам по 4-м ключам аналитики и смотрите по какой аналитике не закрылись затраты.
1) для этой статьи затрат должен быть в программе способ распределения (регистр способы распределения статей затрат организации)
2) по данному способу в текущем месяце должна быть база (например, для базы по объему выпуска должен быть выпуск по такой-же аналитике - см. ведомость по выпуску в разрезе ключей аналитики). Чаще всего проблема с расхождением аналитики затрат и аналитики выпуска, например выпускали по номгруппе А, а затраты отнесли на номгруппу Б, по которой не было выпуска.
3) документ "Инвентаризация НЗП" фиксирует сумму, которая будет зависать на 20-ке. Проверьте нет ли такого документа в базе.

Не совсем понятно что значит БОЛЬШОЕ расхождение между БУ и НУ в ветке доходов. Каким отчетом пользовались? Если анализом состояния по налогу на прибыль, то этим же отчетом и расшифровывайте разницы. Но этот отчет стоит анализировать только после того, как основное закрытие затратных счетов пройдет. И помните, что проводки в НУ по выручке делаются только документом расчета себестоимости, тогда как в БУ они даются непосредственно в РТУ. То есть без проведенного документа себестоимости открывать этот отчет вообще бессмысленно.

Весь регистр? У вас хоть что-нибудь с 20-ки закрывается?