Составление корректировочной декларации НДС

Работаем в 1С 8 редакция 3.0 (3.0.40.34)

Сдали как положено декларацию НДС за 1 квартал 2015 года
В следующем периоде выяснилось, что не отразили в 1С одну реализацию.
Создали документ задним числом, зарегистрировали СФ. В книге продаж сформировали доп лист. Сформировали корректировочную декларацию. Визуально в разделе 3 цифры правильные т.е. суммы соответствуют разделу 8, разделу 9 и приложению 1 к разделу 9.

При проверке контрольных соотношений вываливается достаточно много ошибок, некоторые как раз по разделам 8, 9 и приложениям к ним.

Налоговая прислала результаты проверки где указывает на занижение суммы НДС, подлежащей уплате в бюджет.

Например, указывают что в прил 1 к р 9 стр 020 меньше чем раздел 9 стр 230
Или в прил 1 к р 9 стр 050 меньше чем р 9 стр 260

Как вообще правильно формировать уточненную декларацию по НДС если пришлось добавить документ продажи задним числом?

Спасибо.