(2) Xershi,
Мне кажется, что лучше использовать родную обработку 1С
"Выгрузка и загрузка данных XML"
http://its.1c.ru/db/metod8dev#content:4126:hdoc Она позволяет выгрузить только те объекты, которые отмечены.
(1) serkrn, как советуют в (2) лучше будет, чем чистить базу. Все равно останутся какие-то завязки между нужными и ненжными объектами. А так можно выбрать только необходимые справочники.
Еще как вариант, удалить все документы непосредственно. Далее запустить тестирование на восстановление битых ссылок, чтобы создались пустые объекты, на которые ссылаются существующие справочники