который ввел настройки для нормального учета себестоимости
насколько я помню в УТ никаких настроек учета себистоимости нет. Разве что только ФИФО - ЛИФО - По средней?
СуперБУХ влез в конфиг или в как пользователь правил?
Если в конфиге, копайте в сторону галки в договорах "Вести по документам расчетов с контрагентами"