Как удалить те накладные, РКО, ПКО, организации которые не удаляются стандартной обработкой?

Стандартной это имеется ввиду уделение помеченных на удаление объектов?

Совершенно верно

а по другому никак?

а чем это грозит?

скажите откровенно, wwizard, вы - программист 1с?

вот еще для "программистов 1с"

НЕТ

В случае нарушения целостности ссылок на документы ты просто получишь баг в БД, скорее всего человеку надо очистить полностью БД для начало новой работы .... такое бывает когда кто - то делиться боевой, рабочей конфой .... или как та фирма которая нас "обслуживала" стянула конфу их программер все удалил.... но вот кояк у других клиентов не аработало..... ручки надо правильно прикладывать к таким вещам .... аккуратнее!!!!

Непосредственное удаление не рекомендуется, из-за возможного нарушения ссылочной целостности базы данных
Представь себе ты удаляешь сотрудника который использутеся в документе выплата\начисление зп. Получится как бы пуская ссылка в документе на неизвестный объект в результате чего программа будет постоянно вываливать ошибки. при обращении к документу, к операции, к проводке.
То же самое с РКО - например он используется в авансовом отчете, получится документ удалишь а в авансовом останется.
И это я не касаюсь проводок :-) там же суммы себестоимости, выручки...рассчитываются нарастающим. и опять таки будет несуществующая ссылка.

Есть стандартная на Диске ИТС обработка по поиску ссылок, вот ей и воспользуйтесь- очень эффективная, все по очереди переоформите на специально созданные вами помеченные на удаление объекты и удали потом.