Попробуйте в общем модуле СкладыСервер, в процедуре:
ПодобратьЯчейкиДляОтбора(МенеджерВременныхТаблиц, Склад, Помещение, СтруктураТаблиц, ОтборТары)
Изменить текст запроса:
#Удаление
| КОГДА ПулЯчеек.СвободныйОстаток <= ПулЯчеек.Количество / ПулЯчеек.КоличествоВУпаковке
| ТОГДА ПулЯчеек.ПриоритетОтбораПодОстаток
| ИНАЧЕ ВЫБОР
#КонецУдаления
#Вставка
// Здесь можно описать новое поведение.
| КОГДА ПулЯчеек.СвободныйОстаток = ПулЯчеек.Количество / ПулЯчеек.КоличествоВУпаковке
| ТОГДА ПулЯчеек.ПриоритетОтбораПодОстаток
| ИНАЧЕ ВЫБОР
#КонецВставки
Показать
Стратегия отбора под остаток должна иметь наивысший приоритет, т.е 1.
И проверьте заполнена ли область в которой прописаны стратегии отбора в данных ячейках.