Продажи между фирмами

(1) NE_ZNAIY,

Нужно понять, что именно вам нужно:
1) сформировать документы для бухучета прямо в УТ.
2) обеспечить, чтобы в базе велся упр. учет.
3) включить или исключить оборот внутренних продаж и изменение себестоимости из упручета.

По 1) у вас должна быть схема официального взаимодействия юрлиц. Хотя бы, например, такая: "Весь остаток товаров находится в собственности фирмы А, фирма Б выкупает ровно такое количество товаров, которое она продала за день в розницу". Может быть и наоборот, например. Кроме того, должен быть определен порядок образования цен, это все должно быть обосновано договором поставки и т.п.
Это вопрос не лежит прямо в плоскости автоматизации, он бухгалтерско-юридический, хотя и должен быть решен с учетом возможностей технологий.

Чисто технически, такая передача делается реализацией с фирмы А на контрагента Б, и поступлением товаров с контрагента А на фирму Б.
Это назовем трансфертными продажами.

С наличием схемы можно написать автомат, который будет формировать документы трансфертных продаж сам.
Можно наколдовать костылей, которые позволят делать такие документы в полуручном режиме. Как минимум, это "заполнятор" внешней табличной части документа "поступление товаров" по отрицательным остаткам склада на конец дня, и документ, формирующий реализацию на основании поступления.

По пункту 2.
Если вам бухгалтерские документы п. 1) не нужны, то вам нужно просто перемещение товаров. А бухгалтерские документы - в бухгалтерской программе.
Если нужны, то см пункт 3).

3) Если результат внутренних продаж включается в упр. учет, то документы трансфертных продаж должны пойти с флажками УУ, БУ, НУ.
Если не включается, то в упр. учете следует оформить перемещение товаров с флажком УУ, и трансфертные продажи с БУ и НУ, но без УУ.

(2) SGordon1, Это значит, что для фирмы А надо заводить контрагента - фирму Б. И наоборот. Делать два документа по каждому факту отправки товара из пекарни в магазины. Можно, конечно. Рассматриваю и этот вариант.

(3) НовенькийЯ, про пакетный ввод документов знаю. Я хотел услышать мнение тех, кто это, конкретно, делает. Как у них это реализовано. Мы, пока, не делаем.

(8) т.е. делаем реализацию с одной фирмы и поступление на другую, чтобы с точки зрения бухгалтерского учета всё было правильно?