Какую конфигурацию файлового сервера выбрать ?

Да.

Тут еще предлагают сделать рэйд-0 из SSD, разбить его на два диска под систему и базы, ну а копии понятно.
Но что-то мне кажется, что 120 Гб маловато, и туда, и туда, даже если базы занимать будут не больше 10Гб.

Мать такая ASUS P9D-V (RTL) LGA1150 <C224> PCI-E+SVGA+2xGbLAN SATA RAID

Пишут, что SSD не очень "любят", когда свободного места меньше 40%, отсюда и сомнения о совместном размещении, и системы, и баз на рэйде-0 .

Значица так. Система 2х500гб в рэйдзеркало или один, но образ раз в неделю. Если все 6 баз крутят усердно, то 3 базы на один ссд, 3 на другой. Всё это бэкапится на 1тб винт.

Я бы из SSD сделал Raid 1 для системы + баз, на HDD делал бы бэкапы. С местом могут конечно возникнуть проблемы, в зависимости от того, сколько будет софта, пользователей терминального сервера и их личных файлов. Выходом будет добавление ещё двух SDD и организация Raid 10.

какой смысл в raid1 на ssd? износ дисков будет практически равномерным, высока вероятность что диски сдохнут одновременно, в итоге потеряете два диска за срок службы одного. Да еще и в скорости потеря.

Честно говоря, тоже не вижу смысла делать рейд-1 при наличии HDD для бэкапов, тем более, что посмотрел на аналогичном сервере (по нагрузке) системный диск забит на 80 Гб, при том, что пользователи не хранят там свои данные, а пользуются только 1С через ремотеапп, т.е. 120Гб под систему и базы явно не хватает, а значит и объединять их в рейд-1 смысла нет.
Остановлюсь на первом варианте - SSD под систему, SSD под базы и все это бекапить на HDD.

Опять же, вы написали размеры SSD и HDD, значит вы планируете на них вмещать свою информацию. Если база не влезет на 1 SSD, то проще использовать SSD под систему, а базу хранить на хорошем HDD. Да и стоит учитывать топологию вашей сети, т.к. она тоже немаловажна при настройке терминального режима. У меня вот на предприятии SSD только под систему на серваке стоит, а пользователям с головой хватает скоростей обычного HDD. В конце концов выбор за Вами.
З.Ы. Не стоит забывать о такой вещи, как износ SSD - его заверенное время работы гораздо ниже HDD

Как раз наоборот, базы займут гигов 10-12.

Все уже куплено, вопрос только в комбинации.

Бэкап сервера, т.е. системного диска тоже будет, так что не вижу проблем.

Бэкап системы то будет, но не будешь же ты его делать по несколько раз за сутки, как базы 1С. А когда грянет гром, а у тебя копия системы кто знает какой давности, вот тут-то и начнутся пляски. По себе знаю. Одно дело тупо копию базы разахивировать и пускай бухи восстанавливают документы за последние максимум пол-дня. И совсем другое поднять сервер со всеми доступами, настройками пользователей, личными файлами, работающей периферией и прочим. На полное восстановление могут пойти и сутки, а сколько нервов тебе потрепают за это время - вообще молчу. Так, что более надежный винт (винты) под систему, остальное под базы. Тем более, зачем серверной системе скорость SSD ??? Что, пользователь не подождет лишние пару секунд, пока два раза за день откроется программа? А вот лишние секунды ждать, пока проводятся документы, формируются отчеты десятки раз за день - вот это напряг. Здесь SSD и место.

SAS

Несколько не буду, а раз в сутки - да.

Я может не понимаю, но под бэкапом сервера я имел в виду полную копию системного диска (образ), сделанную прогами типа Акрониса, т.е. восстановление это полная перезапись системы по состоянию на предыдущий день со всеми настройками и т.п. из бэкапного образа на новый чистый винт.