порядок исчисления НДФЛ

Релиз 2.5.41.3, платформа 8.2.14.533

Как написано в описании к релизу 2.5.41.3, изменен порядок исчисления НДФЛ при приобретении статуса налогового резидента РФ в соответствии с письмами Минфина России от 12.08.2011 № 03-04-08/4-146, ФНС от 9 июня 2011 г. № ЕД-4-3/915. Согласно этим письмам налогоплательщик имеет право на пересчет подоходного налога с начала расчетного периода, возврат налога производит налоговая инспекция при сдаче декларации за год.
Программа же после установки этого релиза автоматически пересчитывает подоходный налог у людей, ставших «резидентами», но в соответствии с п.1.1 ст. 231 НК, налог МОЖЕТ быть возвращен НАЛОГОВЫМ АГЕНТОМ, но не ОБЯЗАТЕЛЬНО должен. Клиент считает, что возврат налога или зачет излишне перечисленной суммы налога должны производить НАЛОГОВЫЕ ОРГАНЫ, а не налоговый агент. Т.е. начиная с месяца, когда сотрудник стал «резидентом» налог должен исчисляться по ставке 13%, а не 30%, но предыдущие периоды пересчитываться не должен.
В связи с чем непонятно, как отменить доработки последнего релиза. Организация большая, откат невозможен.
Или хотелось бы услышать четкую мотивировку такого поведения программы, если это однозначно правильное поведение.