Налоги и взносы по договорам ГПХ

Опишите, пожалуйста, проблему подробнее. Не совсем понятно, что же у Вас случилось.

В 317 релизе договора вроде как не менялись, так что скорее всего искать надо в самом документе. Либо галочка "Договор с предпринимателем", либо вкладка "налоговый учёт". Так же можно посмотреть тип договора и соответственно облагаемую базу в видах расчетов.

Если я правильно понял надо понимать как: платформа 1С:Предприятие 7.7, конфигурация 1С:Зарплата и кадры ред. 2.3 релиз 317.
Если такими догадками гадать над проблемой, по которой у вас в программе , то думаю мы так никогда до истины не доберемся.
Ц:"Больше информации!" (Иван Натаныч, сериал Интерны)
Вот и у нас также получается: больше информации!
Опишите проблему более подробно (нужна симптоматика): когда появилась проблема, как часто она возникает, особенности, при которых она появляется (способы начисления з/п) и т.д.
Почему это важно? Отвечаю: программный продукт 1С:Зарплата и кадры ред. 2.3 создан довольно давно, и на настоящий момент является хорошо работающим механизмом начисления зарплаты, налогов и взносов. Поэтому у вас проблемы в расчетах скорее всего вызваны неверной настройкой программы или неверным использованием имеющихся механизмов. Чтобы нам понять что не так вы делаете, нужно вам более подробно описать проблему.
В противном случае помочь вам будет невозможно.

Arin так в чем проблема? она так и должна считать!

Дело точно не в релизе. У программы алгоритм расчета строго регламентированный по условиям "Если..., то...". Это значит, что если у одного сотра рассчитывается правильно, а у другого нет, то дело действительно в настройках, т.к. программа при одинаковых настройках по разному считать не может. Сравните различающихся сотрудников и документы ГПХ по ним.