НДФЛ с подотчетных сумм в 1С ЗУП и Бухгалтерии

(1)
Откуда, с какого счёта удерживается? 71-й с 68.01 в типовом плане счетов не корреспондируется. И сумму полученного дохода с него получить весьма затруднительно. Поэтому для НДФЛ используется начисление натурального дохода в сумме сверхнормативных доходов в ЗУП и удерживается НДФЛ из зарплаты работника, а не из подотчёта. И взносы с расходных счетов работника по умолчанию.

(5)
Не так, из ст. 223 п.1 НК РФ узнаём, что дата получения дохода в этом случае

Это дата получения дохода и дата начисления НДФЛ. А удержание, действительно, при выплате. Но не "при выплате денежных средств по АО", а при выплате согласно п.4 ст. 226 НК РФ

Ведь выплата суточных, как правило, осуществляется до направления в командировку, а не после.
Так что нет нарушения, если учитывать сверхнормативные суточные как натуральный доход, полученный в месяце утверждения АО и выплаченный с зарплатой. А выплата по АО должна осуществляться именно в той сумме, на которую расходы приняты.
(4)
Можно было бы, если бы программа умела определять доход, полученный от сверхнормативных расходов по командировке из АО, ведь там могут быть не только суточные. К тому же и в типовом плане счетов нет корреспонденции счета 71 со счетом 68.01. Если уж удержали НДФЛ из выплат по АО после утверждения отчета, то можете сделать ручную проводку Дт71-Кт70 или доплатить остаток работнику по АО.
(4)
Всё то же самое, только начисление сверхурочных можно сделать не в начислении зарплаты, а в документе Получение прочих доходов, который служит только для учёта НДФЛ и взносов с указанного дохода, во взаиморасчётах с сотрудником не участвует.