ЗУП 3.1 не рассчитываем доплату за работу в праздники и выходные по одному виду времени

В типовой поставке вид начисления "Оплата работы в праздничные и выходные дни" привязан к виду времени Праздники(код РП), см. настройку начисления, вкладка "Основное", начисление выполняется "только если введен вид учета времени".

Видимо вид времени ВМ создали вы самостоятельно, ну соответственно и обеспечить связь этого вида времени с видом начисления тоже должны вы самостоятельно, либо сменив вид времени в настройках текущего вида расчета(если вид времени РП у вас не используется), либо создав по аналогии новый вид расчета и указав в нем "только если введен вид учета времени" ВМ.