(3) "Исполняющий обязанности" не есть квалификация самой должности, это просто указание на временность исполнения обязанностей по этой должности каким-то сотрудником до утверждения в должности. Тем более, что в штатном расписании не должно быть никаких "ИО должностей".
(6) Им, думаю, нужно только чтобы в подписях документов выводилась к наименованию должности приставка И.о. Для этого ИМХО можно в справочнике Должности создать дополнительные должности, которые скрыть в списке (исключить из штатного расписания), а при формировании документа в графе Должность подписанта указывать эту несуществующую должность, включив флажок "Показывать исключенные должности"