Типовая ЗУП Отрицательная налоговая база при применении имущественного вычета

Сотруднику ввели имущественный вычет 2 000 000 в мае, действует он(вычет) с января 2020 года. Сотрудник в июне 2020 года уходит в отпуск с середины месяца. При расчете отпуска и в этом же документе ("Расчет отпуска") зарплаты за июнь 2020 года все корректно, если же зарплату считать отдельно в документе "Начисление зарплаты", то появляется на закладке "НДФЛ" вычет равный начислениям за июнь и в 2-НДФЛ отрицательная налоговая база, равная начислениям за июнь. Как сделать правильно?