Ведомость начисляет и сторнирует начисление ЗУП 3.1

У вас в настройках расчета зарплаты стоит галочка такая?

А в ведомости выплаты около суммы, которая там выплачитается стоит "в том числе..."?
И это расшифровка какой из ведомостей выплаты?

Еще покажите расчетный листок декабря. Там не было отпуска или б/л?

Скорее всего это у вас карточка по подоходному налогу. И с точки зрения обложения НДФЛ действительно так и есть. Ну допустим у вас есть к примеру "дотация за питание", которая относится к прочим доходам и период дохода считается в отличии от оплаты по окладу не по дате начисления, а по дате выплаты.

Ну и тогда вначале датой дохода "дотация за питание" будет дата начисления ( у вас в примеру декабрь 2019 года).

А ведомость которая выплачена 10.01.2020 года исправляет дату выплаты дохода. Соответственно сторнирует декабрьские суммы дохода, а ставит их январскими.

Кажется я понял логику. В январе 2019 года при расчете зарплаты применялся двойной вычет: первый на оплату труда, второй, авансом, на прочий доход, с датой получения в зарплату в начале февраля следующего года. Бухгалтер решила, что это не правильно и не выплатила 364 рубля вычета, примененного авансом. В декабре 19 года, 1С сторнировал вычет, который был предоставлен авансом и долг предприятия в 364 рубля закрылся и был выплачен 10 января. Поскольку, согласно НК, вычет применяется на ВЕСЬ доход целиком, 1С видит, что 10.01.20 было выплачено 364 рубля долга за январь 19 года и так же видит, что в январе 19 года был также начислен прочий доход. Поскольку у 1С есть данные, что выплачено 364 рубля долга за январь, в т.ч. и прочий доход, а конкретного распределения этой суммы по видам доха нет, она как-то пропорционально сама посчитала, какую сумму из 364 рублей отнести к прочему доходу и сделала корректировку, соответственно, НДФЛ по дате выплаты.