ЗУП 3.1 забыли командировку, ЗП выплачена.

Как бухгалтерия решит так и делайте
Проще пересчитать в текущем месяце, тогда не будет перерасчетов, возможных минусов
Да и наверняка год еще не закрыли, можно еще откорректировать правильно зарплату

Решил провести все датой обнаружения. Опыт показывает, что проведение документов задним числом перед уже другими введенными документами чревато непредсказуемыми последствиями. Можно, конечно, вообще откатить начисление ЗП и выплаты, как советует (2), но тогда не сойдутся начисленные и по факту выплаченные взносы и НДФЛ,

Документ Командировка добавил вкладку "Пересчет прошлого периода", где сторнировал начисление ЗП за рабочие дни, пришедшиеся на командировку. На вид все красиво. Буду надеяться, что при очередных выплатах ЗУП также разумно скорректирует выплаты, фонды и налог.

НДФЛ и выплаты у Вас все равно уже не сойдутся( Делаете командировку датой, которая должна быть и все. Недоплата НДФЛ только страшна в налоговой.

Сделал как в (3). Всё отлично.
Только ещё нужно добавить документ "Разовое начисление" с начислением "Доплата до 100 % заработка в период командировки".