Экспресс-проверка

Добрый день! На предприятии используется выплата авансов сотрудникам с помощью документа «Начисление зарплаты сотрудникам организации», после выплаты эти документы снимаются с проведения, и при выплате основной зарплаты используются эти же документы, они очищаются, перезаполняются и пересчитываются заново.
При проведении экспресс-проверки (в конце месяца, после основной зарплаты, после всех начислений и удержаний), была выявлена ошибка по документам начисления зарплаты.
Проверка «жаловалась» на документ (например №1), и на конкретного сотрудника (например Иванов). При расчете аванса Иванов попал в документ №1, но при расчете основной зарплаты его в нём нет, так как он уволился, и соответственно на него был заведен отдельный документ начисления зарплаты. Хотя проверка почему-то «думает», что сотрудник еще в документе №1 присутствует. Для устранения ошибки было проведено перезаполнение и перерасчет документов, проверяли эту ситуацию отменой проведения и очищением всего документа, но в экспресс-проверке ничего не изменилось.
При поиске ссылок на этот (уже не проведенный и очищенный) документ выяснилось: что данные документа №1 по непонятной причине попали в регистр сведений «Заполнение плановых начислений», хотя сотрудника уже уволили, и, по сути, в этом документе (в котором он был когда считался аванс, и в котором его нет сейчас, когда считалась зарплата) его нет.
В чем может быть причина данной ошибки? И как ее устранить?