Где хранятся номера трудовых договоров в ЗУП 3.1?

Наверно, в документе Прием на работу, на закладке.

все нашла. регистр сведений. основные данные контракта, договора.

просто вопрос есть ли возможность поменять его кадровику. он же не полезет в регистры ковыряться. или приказ о приеме перепроводить если период закрыт.

Если у вас массово проблема с номерами, то можно обработку написать и дать ее кадровику, если разово - то руками специалиста, который знает как лезть в регистры

Все логично, номер договора храниться в РС, который изменяется регистратором(кадровыми документами).
Можно в текущем периоде(если период документа уже закрыт) создать исправление кадрового документа и там поменять номер на нужный. Старая запись в регистре заменится новой (без сторно). С точки зрения учета этот способ нормальный, но большинство кадровиков скажут "Как же так, мы не можем делать второй прием на работу, это никуда не годиться" и переубедить их будет непросто.
Другого способа менять номер договора в базе скорее всего не предусмотрено.

Делайте через перенос корректировку регистра основные данные контракта, договора.