НДФЛ

(1) "НДФЛ мы должны будем перечислить 31.05.18 "... а в д-те Выплата отпуска стоит крыж "налог перечислен вместе с зарплатой"? Или делаете отдельные д-ты "Перечисление НДФЛ в бюджет"?
Как в программе реализовано "отпуск был уменьшен на 14 дней"? создан д-т исправляющий отпуск? пересчитан ранее созданный д-т?

(1)
Не знаю, поможет ли Вам эта информация:
-----
Как в 6-НДФЛ отразить уменьшение отпускных?

В силу разных причин организация может пересчитывать работнику отпускные. Причем выплата отпускных и их перерасчет могут приходиться на разные отчетные периоды.

В письме от 12.03.2018 № 20-15/049940 УФНС России по г. Москве пояснило, как такой перерасчет отражать в расчете по форме 6-НДФЛ в случаях:

•если в результате перерасчета произведена доплата отпускных
•или если в результате перерасчета сумма отпускных уменьшилась.
В первом случае доплата отражается в разделе 1 и 2 расчета 6-НДФЛ в том отчетном периоде, в котором доплата произведена.

Во втором случае необходимо подать уточненный расчет 6-НДФЛ за тот отчетный период, в котором выплачены отпускные. При этом в разделе 1 уточненного расчета следует отразить суммы с учетом уменьшения суммы отпускных, а раздел 2 не корректируется, то есть в нем отражаются первоначальные данные по отпускным.
http://its.1c.ru/docs/hot/2018-05/
-------------
И по существу вопроса.
На мой взгляд, программа все делает правильно.
Фактически вы деньги выплатили в размере ХХХ, удержав при этом сумму налога YYY 04.05.18.
Возврат денег в кассу сотрудник не делал?
Вы ему не делали возврат НДФЛ?
А даже если и делали,то все равно в Разделе 2 отчета 6-НДФЛ это все должно обозначаться блоками:
-----------
дата получения дохода (100) 04.05.18
дата выплаты дохода(110) 04.05.18
дата перечисления(120)31.05.18
сумма (130) XXX
сумма удержанного НДФЛ(140) YYY
------------
разовое начисление
дата получения дохода (100) 10.05.18
дата выплаты дохода(110) 10.05.18
дата перечисления(120)11.05.18
сумма (130) ZZZ
сумма удержанного НДФЛ(140) 0

(3) А вы НДФЛ сразу заплатили?

(6) в 3.1 можно делать д-т исправление в текущем месяце. А пока у вас так - есть Выплата на ХХ руб, сделанная на основании д-та в котором начислено ХХ : 2.
Галочку "налог перечислен вместе с зарплатой" в Выплате снимаете?

(6) Лена, не путайте перечисление НДФЛ и удержание НДФЛ. Удержание исчисленного НДФЛ на дату получения дохода производится при выплате и это фиксированный факт, независимо от того, когда и в каком размере вы в последующем это удержание перечислите. Перечисление должны делать обязательно в полном размере удержания за исключением случаев, когда был сделан возврат НДФЛ по ст. 231 НК РФ. Только тогда можно уменьшить перечисление, других случаев в НК РФ не предусмотрено. Если появляется излишнее удержание, то при следующем получении дохода уменьшается следующий текущий исчисленный НДФЛ. Таков алгоритм расчёта НДФЛ нарастающим итогом за год. Если отпускные были выплачены в полном размере, то и удержан должен быть полный исчисленный с отпускных НДФЛ, а в последующем перечислен, даже если выплаченные отпускные работником будут возвращены. Сторнированный доход будет учтён при следующем получении дохода и пересчитан НДФЛ на следующую дату.