Как найти ошибку в расчетном листке?

регистры взаиморасчетов с сотрудниками руками не правили?

Для начала запусти в конфигураторе тестирование и исправление. Возможно просто перекосились регистры и их надо пересчитать и очистить от кривых ссылок.
Если не поможет - тогда в Расчетно ведомости по организациям пройдитесь по столбцам с расшифровкой по документам. Найдите тот документ который показывает цифры отличные от цифр в расчетном листке.

Как вариант, что-то неверно с доплатой за работу в праздники и выходные. Там сумма начислений 330.70, НДФЛ с нее как раз 43 рубля. Может эти дни в табеле после даты увольнения стоят например. Попробуйте в копии базы эти начисления временно убрать, перерассчитать начисление ЗП и посмотреть, что в расчетный листок будет попадать.

Может вам поможет расчет сотрудника с комментариями?

регистр ндфл к зачету посмотрите

У нас когда возникает такая ошибка - это чаще всего регистр накопления взаиморасчеты работников. И неверную сумму ставит именно документ начисления заработной платы. В момент расчета, если ранее были записи в регистре накопления "Ндфл к зачету", или сумма выплаты была не равна той что была положена работнику. Вы пишите " вначале идут начисления, потом выплаты.". Проверяли так - отобрать суммы прихода всех документов, кроме документа начисления, затем проверить остаток сумм внесенный документом начисление зп. Чаще всего недописывается сумма прихода на сумму ндфл.