Как правильно отразить начисление при несвоевременной выплате отпускных

(1) Умочка, а если вы хотите выплатить компенсацию за задержку выплат, то это делается в документе Зарплата к выплате. В нем нажимать нужно не на большую кнопку Заполнить, а на синюю ссылочную надпись справа от неё Заполнение всеми причитающимися суммами. Там можно проставить количество денй задержки, нажать рассчитать, потом Заполнить. В списке столбцов появится Компенсация за задержку выплаты с суммой.

(3) Умочка, документом "Начисление отпуска" - другого в ЗКБУ не дано.

(3) Умочка, вы трудовую инспекцию ждёте по жалобе работника за несвоевременную выплату отпуска?
Остальным инстанциям на это наплевать, за сколько дней до отпуска вы его рассчитали.
Если вы про ФНС, то тут главное по отпуску перечислить ндфл с него не позднее последнего дня месяца, в котором вы его выплатили. А когда вы его начислили - всем с большого баобаба.