Зачисление на карточку основному сотруднику и договорнику

А зачем вы пытаетесь создать вторую запись? Во втором сотруднике выберите уже существующую запись, созданную из первого сотрудника (она же видна) - и все будет нормально.

Хотя вы выбираете лиц. счета из сотрудника, на самом деле они привязаны именно к Физлицу, которое одно.

Не совсем понимаю, что вы имеете в виду под записями. Я открываю сотрудника, выбираю Выплата зарплаты, выбираю Зачислением на карточку, выбираю зарплатный проект, заполняю номер лс. Записать сотрудника не даёт, т.к. такой лицевой счет уже есть.

Да, про "выберите" - меня не туда занесло. Это характерно для варианта перечисления на счет.

Но у меня в любом случае нет вашей проблемы. Есть 1-й сотрудник на осн. месте работы, ему вводим счет по з/п проекту. Затем создаем 2-го сотрудника в той же организации, привязанного ко тому же физлицу. Когда заходишь в форму настройки выплаты, то при выборе варианта зачисления на карточку, там сам появляется счет, введенный в первом сотруднике, его не надо вводить самому.

Нужно искать, почему бы л/счет, введенный в первом сотруднике мог не отображаться во втором. По логике возможно в следующих случаях:
- организация другая
- физлицо другое
- зарпл. проект другой

Точно все правильно?

При приеме сотрудника на работу по договору подряда, не надо было заводить новое физ лицо.
ФизЛицо одно, сотрудников сколь угодно много: по совместительству, по договорам подряда.
Исправьте пока не поздно, потом с отчетностью в фонды замучаетесь.