Обнаружены остатки нераспределенных материальных затрат в регистре "Себестоимость товаров" по организации

Поднимите базу без ошибок и изучите откуда пошла ошибка. Возможно документ прошлого периода изменили.

Не претендуя на единственно верное решение, рекомендую следующее:
В списке ошибок просмотреть ссылки на производственные заказы, в которых участвуют проблемные ТМЦ.
В документе "этап производства" выполнить отмену выполнения этапа, очистку закладки "расход" и зарегистрировать выполнение этапа заново.
Перепровести периоды, в которые осуществляли отмену-проведение этапа производства.
В некоторых случаях помогало удаление документа "расчет себестоимости", но вышеописанная последовательность все-таки дает более надежный эффект.