Ошибка при настройке упаковок ("Родителя можно менять только из формы элемента")

Самый простой способ, как мне кажется, это создать новую упаковку с правильными настройками, а старую, неправильную упаковку пометить на удаление. В стандартной обработке «Удаление помеченных объектов» из раздела Администрирование произвести замену всех неправильных элементов на новый правильный.
Если количество в упаковках (старой и новой), выраженное в единицах хранения совпадает (а в вашем случае это именно так), то всё прекрасно сработает и не понадобится перепроведение никаких документов.
Если не совпадает — то произойдет рассогласование данных между складским и бухгалтерским учетом (то есть данные регистров ТоварыНаСкладах и ТоварыОрганизаций). Вот для того, чтобы это рассогласование не случилось, система и не позволяет менять состав упаковки.