Одной БП достаточно, или все же еще лучше зарплату в ЗУП вести?

(1) Зависит от обстоятельств. Микро-предприятиям обычно бывает достаточно БП.

связывался с разработчиками, их ответ:
Ограничение Бухгалтерии предприятия ред.3.0 - в конфигурации реализован наиболее простой вариант расчета заработной платы:
-> единственный основной вид начисления - месячный оклад;
-> график работы - соответствует производственному календарю РФ (5 дней по 8 часов - 40 часовая рабочая неделя);
-> поддерживаются только наиболее частые отклонения - отпуск и больничный, которые добавлены только в новой редакции как реально востребованные всеми типами организаций, однако расчет средней при этом также производится с учетом того ограничения, что используется единственный график работы;
-> начисление зарплаты учитывает только существующие в программе отклонения.
Если в организации используются разные графики работы, активно используются предоставление разного рода невыходов (административные отпуска и т.п.), то это уже не является простым функционалом. Здесь уже требуется расширенный кадровый учет со специфическим функционалом. В таком случае рекомендуется использовать специализированные программы

(3) БП позволяет вести только 60 сотрудников. Ограничение разработчика.
Плюс если у вас есть нестандартные графики, нестандартные начисления - то это однозначно только ЗУП. БП для этого не разработано. Блок Кадров и ЗП в БП совсем простой.