Платежное поручение в БП 3, почему не делится на исходящее и входящее?

Потому чтоплатежне поручение (ПП) в БП 3.0 - это именно исходящее ПП - документ, который служит для передачи в банк информации о исходящем платеже. Никаких других функций он в себе не несёт и движений по расчетному счету не делает. Вам, всего скорее, нужно загружать ПП исходящее в документ "Списание с расчетного счета" а ПП входящее в "Поступление на расчетный счет". В ранних версия БП и УТ итд, документы ПП отражали движение по банковским счетам, но, начиная с БП 2.0 (ЕМНИП) от этого отказались...

ПП исходящее -> ПП исходящее, ПП входящее -> Поступление на р/c

Если говорить о документах, то платежное поручение - это документ для добровольного списания денег с банковского счета. Есть еще платежное требование - это уже не добровольное, а принудительное списание денег с банковского счета. "Входящее" и "Исходящее" - это терминология создателей программы. За пределами этой программы пользоваться этими терминами никто не обязан.