Концепция учета затрат в НУ (УПП)

Здесь больше организационный вопрос, чем технический.
1. Если пропало/украли/усохло - делаете акт списания материалов (документ Списание). Сумма "садится" на 94 счет. Далее уже решаете, за счет чего ее покрывать - либо за счет виновных лиц (удержание из заработной платы), либо списываете на расходы.
2. Если у вас есть технологические потери, то они должны быть утверждены соответствующим документом по организации, в котором указывается средний процент технологических потерь за период. В спецификацию заносится выходное количество уже с учетом потерь. Соответственно, излишки/недостачи также списываются/приходуются по актам.

В нашей организации выпуск делается документом "отчет производства за смену", где на закладке "материалы" (где автоматически заполняется расход по спецификациям) бухгалтер вручную исправляет количество израсходованное, т.е. на вашу булку пойдет 1,5 кг, если в этом документе выпустили 100 булок, значит в материалах стоит 150 кг.

Совершенно верно, надо следить за тем, чтобы не было минусов в остатках. Для этого есть множество отчетов и настроек, в УПП об минусах можно узнать еще до расчета себестоимости. У наших бухгалтеров с этим нет проблем.

Соглашусь что постановка задачи не совсем корректна. УПП (как и любая другая АС) не лечит первопричину. Максимум она может показать проблему.
В программе есть отчет план-фактный анализ себестоимости. Он позволяет показать сколько материалов должно было быть потрачено на текущий объем выпуска и сколько материалов распределено на выпуск по факту (исходя из терминологии выскавшихся выше - на закладке материалы в ОПЗС). У этого отчета помнится были особенности со статьями затрат (не помню точно, но кажется для корректного отображения в группировке строк должны были быть статьи затрат и статья должна быть заполнена в спецификации).
Что делать с перерасходом/экономией - решать вам самостоятельно. У меня есть предприятие, которое на базе этого отчета (с небольшими доработками в основном оформительского характера) формируют ежемесячный отчет подразделения за подписью руководителя с объяснительными по каждому серьезному факту отклонений. Первичные ОПЗС у них формируются исключительно по спецификации. А вот требование-накладные - по результатам месяца. А с учетом того, что существуют потребности замен материалов (как раз случай, когда в ОПЗС уже распределили "масло А" 10л, а по факту использовали "масло Б" 10л) часто пользуются документом распределение материалов на выпуск с корректировкой затрат (распределяют "масло А" с количеством -10л и "масло Б" с количеством +10л).

Что же касается расхода муки перед НК РФ... Как ни странно способов "обосновать" находится достаточно много. Начиная с ГОСТов по которым есть нормы на отклонения, а также обоснованием излишней/недостаточной влажностью бункера в котором эта мука хранится и т.п.
Другое дело, что собственники будут сами хотеть выявлять ситуации с воровством и нецелесообразным использованием своего сырья. Вот тут план-фактный анализ и пригождается.